Im Statusregister liegen die Flags, die den Zustand der letzten logischen bzw. arithmetischen Berechnung wiedergeben. Das Negativ-Flag (N) signalisiert ein negatives Ergebnis. Das Overflow-Flag (V) wird gesetzt, wenn das Ergebnis größer bzw. kleiner ist als das Register. Das Break-Flag (B) wird beim Ausführen des BRK-Befehls gesetzt und beim Rücksprung mit RTI wieder gelöscht. Das Dezimal-Flag (D) ist im Normalmodus gelöscht und im BCD-Modus gesetzt. Das Interrupt-Flag (I) wird bei einem IRQ- oder einem NMI-Signal gesetzt und bei RTI wieder gelöscht. Das Zero-Flag (Z) ist gesetzt, wenn die letzte Berechnung die Zahl '0' ergeben hat, bzw. beim CMP-Befehl der Wert ident ist. Das Carry-Flag (C) ist ein neuntes Bit für Additionen.
Im 6502, wie auch im 6510, wird Bit 5 des Statusregisters nicht verwendet und ist für künftige Entwicklungen freigehalten.